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伊马替尼耐药可分为原发性耐药和继发性耐药两种，需分别而论：
1、原发性耐药：原发性耐药通常指治疗无效，且耐药时间一般都小于6个月，出现原发性耐药的患者一般寻求替代治疗，如第二代酪氨酸激酶抑制剂达沙替尼片、第三代酪氨酸激酶抑制剂帕纳替尼，以及免疫疗法等其他治疗方法；
2、继发性耐药：伊马替尼继发性耐药与基因序列上的二次突变有关，伊马替尼继发性耐药通常是起初治疗有效，而疾病稳定6个月后再次进展。伊马替尼继发性耐药时间基本长于6个月，有些患者服用伊马替尼后自行停药，一段时间后再次服用，容易产生继发性耐药。对于继发性耐药患者而言，可在专科医生的指导下加大药量，或更换治疗药物及方法。