博舒替尼最常见的副作用(可能影响超过1/5的人)是腹泻、恶心(感觉恶心)、血小板减少症(血小板计数低)、腹痛(肚子疼)、呕吐、皮疹、贫血(红细胞计数低)、疲劳、发烧、肝酶水平升高和头痛。最严重的副作用(可能影响超过1/20的人)包括血小板减少症、贫血、腹泻、皮疹、中性粒细胞减少症(中性粒细胞水平低，一种白细胞)和血液检查表明肝脏和胰腺受损。
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