恩美曲妥珠单抗的安全性,总体副作用被认为是可控的,总体安全性被认为优于其他目前可用的药物。在接受恩美曲妥珠单抗治疗的患者中,最常见的副作用是恶心、疲劳、肌肉或关节疼痛、血液中血小板水平低(血小板减少症)、肝酶水平升高、头痛和便秘。