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尼洛替尼有许多副作用，包括头痛、疲劳、胃肠道问题如恶心、呕吐、腹泻和便秘、肌肉和关节痛、皮疹和其他皮肤病、流感样症状和血细胞计数减少。不太典型的副作用是心血管系统的副作用，如高血压、各种类型的心律失常和QT间期延长。尼洛替尼还会影响身体的电解质和葡萄糖平衡。尽管与伊马替尼和达沙替尼相比，肺部相关的不良反应很少发生，但有一例服用尼洛替尼的患者因弥漫性肺泡出血导致急性呼吸衰竭的病例报告。在美国，尼洛替尼带有一个黑盒警告，表示可能有心脏并发症。禁忌症包括长QT综合征、低钾血症、低镁血症、妊娠、计划妊娠、哺乳和半乳糖/乳糖不耐受。